彩虹曆4020年，異族入侵，魔物橫行，彩虹島世界陷入危難之中！
承載著人類希望的勇者美少女「愛麗絲」與她的夥伴，為了使彩虹島世界恢復和平，
她們踏上了征途，前往遙遠的亞特蘭提斯遺迹，擊敗正要破解封印而出的魔王。
與魔王大戰之下，愛麗絲雖然在最終一刻爆發出了前所未有的巨大能量擊敗了魔王，
但也受到了難以痊癒的重大傷害，同時她也察覺到了世界危難的源頭並非魔王，而是異族的陰謀，
但此時的愛麗絲已經沒有力量去阻止，她用自己最後的力量將意志附著於隕石中，散落於世界各地。
這一夜，無數彩虹島中的人們夢到了愛麗絲的警示，同時彩虹島的各處也出現了無數的神秘石塔。
彩虹島中的青少年全部出動，通過石塔中提供的線索，尋找愛麗絲，拯救彩虹世界。
他們動身的第一站，就是愛麗絲出生的地方——貝羅斯城！